الموقع التخصصي للمسجد، تعمل أكاديمية القرآن من خلال الحلقات المقامة داخل المسجد النبوي على تعزيز القراءة الصحيحة لكتاب الله عز وجل من خلال الحلقات والدروس للزوار كافة، حيث تعنى هذه الحلقات بتصحيح التلاوة لدى الراغبين وتحسين تلاوتهم مع الحفظ وتصحيح مخارج الحروف والنطق السليم للكلمات وحسن تجويد القرآن الكريم وأدائه.
وأكد مدير أكاديمية القرآن الكريم أحمد عبدالرزاق الصاعدي أن الأكاديمية تعنى بتعليم القرآن الكريم لجميع المراحل العمرية بمنهج علمي مدروس ومؤصل، مبيناً أن من مهام الأكاديمية تعليم القرآن الكريم تلاوة وتجويداً وحفظاً وإتقاناً ووضع منهجية علمية مؤصلة وميسرة في حفظ القرآن الكريم وإعداد جيل قارئ وحافظ لكتاب الله ومتخلق بأخلاقه وتفعيل دور المسجد النبوي لخدمة القرآن الكريم وإقرائه وحفظ أوقات الطلاب بما يعود عليهم بالنفع والبركة ونشر ثقافة حفظ كتاب الله والترغيب فيه.